Oulussa alkaa digipatologihanke – Suomen biopankkien näytteet digitalisoidaan

19.3.2015
Pohjois-Suomen biopankki Borealis digitalisoi näytekokoelmansa. INKA Tulevaisuuden terveys -ohjelman kärkihankkeen tavoitteena on luoda uusi digitaalinen ekosysteemi kansalliseen biopankkitoimintaan. Biopankkinäytteiden digitalisointi helpottaa tutkimusta, kun näytteitä ei tarvitse hakea fyysisesti biopankkivarastoista, vaan niitä voi käsitellä tietokoneelta käsin. Biopankkitutkimuksen ympärille odotetaan syntyvän runsaasti uutta liiketoimintaa.

Pohjois-Suomen biopankki Borealis on saanut myönteisen rahoituspäätöksen Tekesiltä biopankkinäytteiden digitalisoimisesta. Digipatologiahanke alkoi Oulun yliopiston, Pohjois-Pohjanmaan sairaanhoitopiirin ja biopankki Borealiksen yhteistyön tiimoilta. Lisäksi hankkeessa ovat mukana HUS:n, Pirkanmaan ja Keski-Suomen sairaanhoitopiirit sekä kaksi terveysteknologiayritystä. Kokonaisuus on avoin myös uusille toimijoille. Hanke on Tekesin INKA (Innovatiiviset Kaupungit) -ohjelman Tulevaisuuden terveys -kokonaisuuden kärkihanke, jonka tavoitteena on siirtää biopankkitoiminta täysin digitaaliseksi palveluksi eri toimijoiden käyttöön.

Biopankki on ihmisperäisistä näytteistä, kuten kudos-, solu- ja verinäytteistä koostuva kokoelma, jota käytetään lääketieteelliseen tutkimukseen potilaan suostumuksen perusteella. Borealis on Pohjois-Pohjanmaan sairaanhoitopiirin, Oulun yliopiston, Nordlabin sekä Lapin, Länsi-Pohjan, Keski-Pohjanmaan ja Kainuun sairaanhoitopiirien perustama biopankki, joka aloittaa toimintansa vuoden 2015 aikana.

Digitaaliset biopankit -hankkeessa mikroskooppilaseilla olevat kudosleikkeet skannataan digitaaliseen muotoon ja niihin voidaan yhdistää myös muuta sähköistä terveystietoa. Digitalisaation myötä sopivia näytteitä ei enää tarvitse hakea manuaalisesti lasivarastoista, vaan näytteet voidaan hakea suoraan tietokoneelta. Digitalisointi tulee helpottamaan biopankkitutkimusta ja diagnostiikkaa, kun kudospalojen sijaan analysoidaan korkearesoluutioisia kuvia. Lisäksi tietoturva paranee, kun digitalisaation myötä näytteen luovuttajan henkilötiedot koodataan tunnisteettomiksi.

– Digitalisoimalla potilastieto on mahdollista siirtyä aiempaa vahvemmin ennaltaehkäisevään hoitoon. Digitaalista patologiaa on aiemmin hyödynnetty vain pienessä mittakaavassa tutkimuslähtöisesti, mutta ei näin laajojen näytemassojen skannaamiseen. Tämä on siis todella uraa uurtava projekti, sillä pidemmällä tähtäimellä tavoitteena on skannata kaikki biopankkinäytteet digitaaliseen muotoon, kertoo biopankki Borealiksen projektipäällikkö Pia Nyberg hankkeesta.

Biopankkitutkimuksesta uutta liiketoimintaa

Biologisten näytekantojen digitalisoiminen ja muuntaminen big dataksi tuo merkittävät tutkimus- ja liiketoimintamahdollisuudet globaalisti. Biopankkinäytteitä on kerätty jo vuosikymmeniä, ja aineiston digitalisoinnin myötä eri toimijoiden ulottuvilla on valtavat mahdollisuudet uusien hoitomuotojen, täsmälääkkeiden ja terveyspalveluiden kehittämiseen.

– Haluamme rakentaa biopankkiekosysteemin, jossa on selkeät roolit eri toimijoiden välillä. Digitaalinen biopankki tarjoaa huikeat mahdollisuudet kansainvälisen tason tutkimus- ja liiketoimintaan, kun maantieteelliset rajoitteet häviävät. Erityisesti Oulun seudulla on hyvät mahdollisuudet lääketieteen ja ICT-alan yhteistyöhön, mikä kuuluu myös sairaanhoitopiirin ja yliopiston strategioihin, valottaa Nyberg digitaalisen patologian mahdollisuuksia.

Biopankkinäytteitä liittyvään tiedon louhintaan ja säilöntään sisältyy uusien tutkimustulosten myötä myös huomattavaa kaupallista potentiaalia esimerkiksi lääkekehityksen, diagnostiikan ja terveysteknologian aloilla. Erityisesti big data -sovellusten kehittäminen, jonka digitalisointi mahdollistaa, on merkittävä kehitysala tulevaisuuden life science -alalla.

Lisätietoja

Pia Nyberg, projektipäällikkö, Pohjois-Suomen biopankki Borealis, Pohjois-Pohjanmaan sairaanhoitopiiri
pia.nyberg(at)ppshp.fi, puh. 0400 461 349

Eero Lukin
comments powered by Disqus